Das HS3 basiert auf dem erfolgreichen JTAG-HS1 und verfügt über einen zusätzlichen an Stift 14 angeschlossenen Open-Drain-Puffer, sodass das Debuggen von Xilinx Zynq-SOC-Prozessoren möglich ist. Bei Anschluss an einen PC über ein Standard-USB-Kabel Typ A auf Micro B wird das JTAG HS3 per USB mit Strom versorgt und auch dann als Digilent-Programmierkabel erkannt, wenn das HS3 nicht an der Zielleiterplatte angeschlossen ist. Der JTAG-Bus kann gemeinsam mit anderen Geräten genutzt werden, da die HS3-Signals hochohmig gehalten werden (ausser, wenn beim Programmieren eine aktive Ansteuerung erfolgt). Das HS3 ist klein und leicht, sodass es vom Steckverbinder der Systemleiterplatte in seiner Position gehalten wird.